Владимир Флейшер родился в Оренбурге. После службы в армии, в 1974 году окончил Оренбургский государственный педагогический институт, филологический факультет.
В 1974–1981 годах работал в Оренбурге преподавателем литературы, а затем директором школы.
С 1981 года — директор Оренбургского государственного областного театра кукол, с 1991 года – художественный руководитель театра.
C 1994 года — председатель Оренбургского отделения Союза театральных деятелей РФ. 
С 1995 года — председатель комитета по культуре и искусству администрации Оренбургской области.
В 1998–2002 годах Владимир Флейшер работал по контрактам в Германии и Франции. 
С 2002 года по 2013 год был директором Театрально-культурного Центра имени Вс. Мейерхольда.
С 2013 года по 2015 год — директор Московского театра на Таганке.

В Театре «Эрмитаж» с 2015 года.